ПРИМЕНЕНИЕ ГРАФИЧЕСКИХ АРИФМЕТИЧЕСКИХ УСКОРИТЕЛЕЙ ДЛЯ РАСЧЕТА ЗАДАЧ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКИ ПО ПРОГРАММНОМУ КОМПЛЕКСУ МД

Б. Л. Воронин, А. М. Ерофеев, С. В. Копкин, И. А. Крючков, А. С. Рыбкин, С. А. Степаненко, В. В. Южаков
Вопросы атомной науки и техники. Сер. Математическое моделирование физических процессов 2009. Вып.2. С. 55-61.

Исследуются возможности применения вычислителей с гибридной архитектурой для решения задач молекулярной динамики. Вычислители содержат универсальные процессоры и графические арифметические ускорители NVIDIA 8800GTX.
       Приведен анализ исходного алгоритма, пояснения по разбиению программы на фрагменты, замеры длительностей исполнения всей программы и ее фрагментов на универсальных процессорах и арифметических ускорителях.
       Показана возможность применения вычислителей с гибридной архитектурой для решения задач молекулярной динамики. Выполнена адаптация программного комплекса МД.
       Получено уменьшение длительности всего вычислительного процесса (потенциал Морзе) на гибридном вычислителе в 4,10 раза по сравнению с одним ядром процессора; по сравнению с двумя и четырьмя ядрами достигнуто ускорение в 2,67 и 1,49 раза соответственно.
       Длительность всего вычислительного процесса (потенциал Ackland) на гибридном вычислителе уменьшилась в 6,64 раза по сравнению с одним ядром процессора; по сравнению с двумя и четырьмя ядрами ускорение составило 3,26 и 1,98 соответственно (рис. 5, табл. 1, список лит. - 5 назв.).